Le tabernacle (meuble au-dessus de l'autel abritant le ciboire contenant les hosties) semble avoir été conçu entre 1661 et 1671, période de construction de la chapelle, et remis en place dans l’autel du retable actuel réalisé en 1702 par Étienne et Claude Darbon, maîtres menuisiers de Martigues. A gauche, saint Pierre avec les clefs, au centre, Jésus et à droite, saint Paul avec l'épée.
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Correspondant à une codification établie par le Concile de Trente, le retable présente un tableau central figurant L'Annonciation.
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Les deux travées latérales sont ornées d’une peinture représentant respectivement La nativité de la Vierge Marie, avec Joachim et sainte Anne.
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et La présentation de la Vierge au temple, avec saint Zacharie.
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Derrière les angelots, on peut apercevoir la tribune aux graffiti. Les murs de la tribune sont couverts de graffiti tracés au fusain, à la sanguine ou à la pointe du couteau. Ces dessins témoignent d'un peu plus de trois siècles de mémoire d'hommes gravés dans la pierre. On accédait à l'étage par un escalier à vis en pierre de taille. La tribune était ouverte sur la nef par deux baies jusqu'à l'installation du retable en 1704.
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Les médaillons représentent des angelots tenant un objet représentant une allégorie de la Vierge.
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Inscription : "Blaÿ, père et fils, ont peint les murailles en l'année 1754". Elle indique aussi les noms du recteur et du sous-recteur.
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Le mobilier de la chapelle.
Il reste peu de chose du mobilier d'origine. Quelques croix et lampes de procession sont exposées à la Galerie de l'Histoire de Martigues. Le reste a dû être fondu ou détruit à la Révolution. Il nous reste les stalles et la porte d'entrée principale en bois. Les stalles en noyer sont des bancs qui permettaient aux pénitents de suivre l'office depuis les banquettes latérales. Elles ont été réalisées entre 1651 et 1655 par un menuisier de Martigues (André Ollivier) et sculptées par un artisan marseillais (Louis Bremiard).
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Le siège du prieur se distingue de l'ensemble par un dais orné d'un tympan en bois peint et doré montrant une Annonciation entre deux pénitents blancs agenouillés.
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L'Annonciation entre deux pénitents blancs agenouillés.
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Ces sphinges aux pieds fourchus représentent le péché originel. On retrouve ces représentations dans les maisons bourgeoises des pénitents.
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Les arcs-boutants du mur ouest.
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