Dès l'origine, l'enseignement de l'architecture est présent au sein de l'académie. C'est le peintre géomètre et architecte Kapeller qui assurait le cours d'architecture, avec pour adjoint Alaugnier, l'auteur de la fameuse vue perspective de la ville de Marseille et de ses environs. Au cours de ses quarante années d'existence, l'académie accueillit en son sein douze architectes, personnalités éminentes du milieu architectural français comme Jacques François Blondel et Germain Soufflot, ou d'une envergure locale plus modeste comme Joseph Esprit Brun et Christophe Embry.
Un nouvel agréé avait un an pour présenter son "morceau de réception" avant d'être définitivement reçu académicien. Pour les architectes, cela consistait à présenter le dessin d'un projet d'édifice sous la forme traditionnelle, plan, coupe, élévation. Les archives municipales de Marseille ont conservé trois de ces morceaux de réception.
Le premier daté de 1780 est un projet d'hôtel de ville par Joseph Brun (1710-1802), figure incontournable de l'architecture